Вирусы постоянно мутируют, и коронавирус не исключение.

По мере того как мир продолжает борьбу с коронавирусом, появление новых вариантов SARS-CoV-2, таких как – «британский», «южноафриканский» и «бразильский» штаммы, вызывает большую озабоченность, по поводу изменения свойств возбудителя, связанных с его инфекционностью, трансмиссивностью, тяжестью течения заболевания, а также устойчивости к средствам диагностики, терапии и лечения.

В республиканских СМИ было много информации о нахождении новых «завозных» мутаций, а также, якобы, штаммов с какими-то местными особенностями. Однако, это не совсем так.

Так что же мы нашли?

Филиалом «Научно-практический центр санитарно-эпидемиологической экспертизы и мониторинга» МЗ РК Международному центру вакцинологии КазНАИУ В и лаборатории Триген были переданы образцы двух пациентов из г. Алматы, возрастом 14 и 16 месяцев для подтверждения мутаций S-гена, обнаруженных методом ПЦР. Да, такие панели уже существуют, но именно секвенирование позволяет подтверждать полученные результаты.

Первая проба вируса – обнаружены аминокислотные замены 501Y, 570D, 614G, 681H, 716I, 982A, 1118H, и аминокислотные делеции H69, V70, Y144, которые полностью характерны для «британского штамма» B.1.1.7. (размещено в GISAID 25.03.2021).

Вторая проба вируса – обнаружены аминокислотные замены 80A, 215G, 242H, 417N, 484K, 501Y, 614G, 701V, 1078S, аминокислотные делеции A243, L244, H245, которые полностью характерны для «южноафриканского штамма» B.1.351. (размещено в GISAID 25.03.2021).

Если посмотреть краткий обзор Центра по контролю и профилактике заболеваний (CDC) - от 28.01.2021 года, что мы увидим.

Британский штамм (вариант B.1.1.7)

1. Имеет мутацию в рецепторсвязывающем домене (RBD) белка-шипа в положении 501, где аминокислота аспарагин (N) заменена тирозином (Y). Сокращение этой мутации - N501Y (по ней отдельно).

2. Предполагается, что этот вариант впервые появился в Великобритании в сентябре 2020 года.

3. Имеет делецию 69/70, которая приводит к конформационным изменениям в шиповом белке.

4. Имеет мутацию P681H - рядом с сайтом расщепления фурином S1/S2, сайтом с высокой вариабельностью у коронавирусов.

5. Этот вариант связан с более эффективной и быстрой передачей вируса.

6. В январе 2021 года ученые из Великобритании представили доказательства, свидетельствующие о том, что вариант B.1.1.7 может быть связан с повышенным риском смерти по сравнению с другими вариантами.

Южно-Африканский штамм (вариант B.1.351)

1. Имеет несколько мутаций в белке шипа, включая K417N, E484K, N501Y (по ней отдельно). В отличие от варианта B.1.1.7, этот вариант не содержит делеции в позиции 69/70.

2. Впервые обнаружен в заливе Нельсона Манделы, Южная Африка, в образцах, датируемых началом октября 2020 года.

3. В настоящее время нет доказательств того, что этот вариант каким-либо образом влияет на тяжесть заболевания.

4. Есть некоторые свидетельства того, что одна из мутаций белка-шипа, E484K, может влиять на нейтрализацию некоторыми поликлональными и моноклональными антителами, что может сказываться на эффективности вакцин.

Что еще вызывает обеспокоенность?

Как вы заметили, оба штамма коронавируса имеют мутацию N501Y в S-гене, которая связана со значительно повышенной трансмиссивностью вируса, что может привести к дополнительной нагрузке на систему здравоохранения страны, что видимо, сейчас и происходит не только в РК, но и по всему миру. По литературным данным данная мутация сохраняется в новых вариантах вируса, которые появляются в настоящее время, что требует дальнейшего всестороннего молекулярного эпидемиологического мониторинга.

Выводы: Почему эпиднадзор за штаммами важен для общественного здравоохранения?

1. Вирусы обычно со временем приобретают мутации, что приводит к появлению новых вариантов с измененными свойствами – заразность, трансмиссивность, тяжесть течения заболевания, а также устойчивость к средствам диагностики, терапии и лечения.

2. Некоторые из возможных последствий возникающих вариантов заключаются в следующем:

• • • • Способность быстрее распространяться среди людей. Уже есть доказательства того, что мутация D614G (она, кстати присутствует у обоих штаммов), дает повышенную способность к более быстрому распространению, чем SARS-CoV-2 дикого типа.
      • Способность вызывать у людей более легкие или более тяжелые заболевания. В январе 2021 года эксперты из Великобритании сообщили, что вариант B.1.1.7 может быть связан с повышенным риском смерти по сравнению с другими вариантами.
      • Возможность избежать обнаружения с помощью специальных диагностических тестов на вирусы, например ПЦР, которая нацелена на определенные участки генома вируса.
      • Снижение восприимчивости к терапевтическим препаратам, таким как моноклональные антитела, например.
      • Способность избегать естественного или индуцированного вакцинами иммунитета.

Берегите себя!

Вячеслав Белоусов

Директор Лаборатории TreeGene